Verificatie van ouderschap

Verificatie van ouderschap

Omdat het genoom van een dier wordt doorgegeven van zijn ouders, is genetische analyse een uiterst nuttig hulpmiddel om de afstamming van dat dier te bepalen. CombiBreed biedt verschillende diensten aan voor zowel het vaststellen van het genetische profiel van een dier als voor het vergelijken ervan met dat van (mogelijke) ouders. Deze informatie kan worden gebruikt om stambomen te verifiëren en is vaak een vereiste voor het vaststellen van de positie van een dier in een officieel rasregister.

Ouderschapsanalyse wordt uitgevoerd door een aantal zogenaamde genetische markers te meten en te vergelijken. Deze markers zijn afzonderlijke stukjes genetische code die consistent over generaties worden doorgegeven, maar die aanzienlijk kunnen variëren tussen verschillende individuen. Een individu heeft twee allelen van elke marker: één van de moeder en één van de vader. (De uitzondering hierop zijn X-gebonden markers; zie Verschillende overervingspatronen). Deze twee kopieën kunnen hetzelfde allel van een marker zijn, of twee verschillende allelen. In het geval van een correcte afstamming (de vermoedde ouders zijn de daadwerkelijke ouders van het kind), kan de helft van de marker-allelen van het kind worden herleid tot de vader en de andere helft tot de moeder.

De bovenstaande tabel geeft een voorbeeld van correcte afstamming. In deze tabel wordt het DNA van drie individuen weergegeven: een nakomeling (linker kolom), een potentiële moeder (middelste kolom) en een potentiële vader (rechter kolommen). Elke rij toont de twee allelen van een bepaalde marker bij elk individu. In dit geval zijn alle varianten in de nakomeling aanwezig bij de ouders; de helft bij de moeder en de helft bij de vader. De nakomeling kan dus inderdaad van deze twee ouders afstammen.

Deze tweede tabel geeft een voorbeeld van onjuiste afstamming. Net als in het vorige voorbeeld worden de marker-allelen van een nakomeling vergeleken met die van de vermoedelijke ouders. In dit geval heeft de nakomeling echter verschillende allelen die de vader niet heeft (cursief en vetgedrukt).

Het is belangrijk om te benadrukken dat markergebaseerde verwantschapsanalyse de juiste verwantschap niet met 100% zekerheid kan vaststellen; alleen met 100% zekerheid kan een onjuiste verwantschap worden vastgesteld. Hoe meer markers er echter worden getest, hoe groter de zekerheid van een correcte verwantschap. Gestandaardiseerde panels voor het opstellen van een genetisch profiel bij bepaalde dieren testen daarom een ​​breed scala aan markers.

Verificatie van verwantschap met behulp van STR (ISAG2006) versus SNP (ISAG2020).

CombiBreed biedt twee verschillende vormen van markeranalyse voor het vaststellen van een genetisch profiel: STR (ISAG2006) en SNP (ISAG2020).

STR (ISAG2006)

STR’s, ofwel Short Tandem Repeats, worden ook wel microsatellieten genoemd. Ze bestaan ​​uit een bepaald fragment van de genetische code, meestal tussen één en zes nucleotiden (letters) lang, dat steeds opnieuw wordt herhaald. Een STR bevindt zich in een bepaalde soort altijd op dezelfde positie in het genoom. Het exacte aantal herhalingen kan echter aanzienlijk variëren tussen individuen. Dit maakt de lengte van deze STR’s een nuttige marker voor genetische profilering. Een typisch STR-profiel bestaat uit 20 tot 40 verschillende markers. Dit is echter ook een beperking, aangezien het aantal markers beperkt is tot het bepalen van het genetische profiel.

SNP (ISAG2020)

SNP’s, oftewel Single Nucleotide Polymorphisms, zijn een zeer belangrijke marker. Zoals de naam al aangeeft, is een SNP één enkele nucleotide op een bepaalde positie die van allel tot allel kan variëren. Een ‘G’ op de markerlocatie op het ene allel kan een ‘T’, ‘A’ of ‘C’ zijn op een ander allel. Omdat SNP’s veel minder complex zijn dan STR’s, zijn er meer nodig om een ​​betrouwbaar genetisch profiel te vormen. Een typisch SNP-profiel (ISAG2020) kan bestaan ​​uit 200 tot 400 verschillende genetische markers. Door het grote aantal genetische markers maken SNP’s een uitgebreider genetisch profiel mogelijk.

Het is belangrijk te onthouden dat de SNP- en STR-markers die worden gebruikt voor genetische profilering geen invloed hebben op de eigenschappen van een dier, aangezien ze grotendeels beperkt zijn tot niet-coderende gebieden van het DNA. Deze panels kunnen daarom geen informatie verschaffen over de genetische eigenschappen van een dier, maar alleen over zijn afstamming. Tot slot is het ook belangrijk om te weten dat deze twee testen gebruikmaken van verschillende technieken en daarom niet ‘omgezet’ kunnen worden.